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2029年3月，發生了堪稱戰後最大事件—「大使館佔領事件」。草薙素子的前上司、任職於陸軍 501 機關的徠津中佐也是事件受害者之一。素子聚集了巴特、以及德古沙等夥伴開始進行搜查。事件背後竟是義體開發的技術障礙所牽扯到的政治陰謀，以及電腦病毒「Fire Starter」的存在。搜查中掌握到的線索，竟然與素子不為人知的身世有關。一人赴戰的素子，對著殘留的成員們發出最後命令— 「追隨你們的靈魂」。當六人遵從自己靈魂的一刻，烏合之眾都成為最出色 的小組。攻殼機動隊誕生的瞬間，震撼世界！...

2027 年 6 月 6 日，在熱鬧的市區街道上，屬於陸軍機密部隊 501 機關的真室中佐被殺，在這之前，他陷入一樁跟軍火買賣有關的貪污弊案，因此他的被殺事件背後有著無數的謎團。 在某個夜晚，警察單位的九課課長荒卷大輔想拿回真室的電子腦，因而在真室中佐的墳墓邊遇到了生化人草薙素子，這是他們第一次相遇。這個時候的草薙素子和真室中佐屬於同一單位，是名追查網路犯罪的軍人，熱切地希望能夠找出十分敬重的真室中佐的死因背後的真相。然而，棺材中已不見真室中佐的屍體……。 在此之後，草薙素子接受荒卷的委託而開始...

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小國卡爾迪斯的獨立戰爭在多年以前被鎮壓，領導斯庫拉薩斯也被殺，然他卻又疑似復活在日本主導多起恐怖爆炸案，草薙小隊奉命調查真相。...

兩位平凡的青少年踏上一場魔幻冒險，他們不僅要拯救朋友的性命，還要解救朋友那來自另一個世界的分身。然而，愛情卻讓他們的旅程變得複雜難解。...

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日本明治維新時代初期，一名浪人必須與半獸人殺手並肩而戰，拯救精靈孤女逃離他倆共同敵人的魔爪。...

媽媽離世一年後，這個年幼的女孩必須啟程前往日本聖地出雲，造訪眾神每年聚會的地方。...

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一場國際水資源交易會上爆發警員大屠殺群眾事件，背後是駭客「火種」的技術所造成，其有入侵電子腦操控任何人的能力，電子世界陷入莫大危機，草薙小隊將力挽狂瀾。...

受軍事審判的曾我上校利用軍事網路科技於獄中發動恐怖活動反擊，卻聲稱僅為了洗清自己冤情，草薙素子展開調查的行動也促成了日後公安九課隊伍的成型。...

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本次劇場版中，兩人將前往水源「大軌道樹」的所在之處——由 兵山（ビョウザン）率領的獨裁國家「普拉納特（プラナト）」。面對能自在操弄名為「建設者」兵器、大肆破壞大軌道樹的 兵山，解讀失落「文字」並接近世界真相的 卡納 與 莉莉哈 兩人的最後是——。...

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