電影: Kenichi Ogata

在神秘委託者的招待下，小五郎與柯南一行人來到了橫濱。一行人受邀來到一座遊樂園，沒想到卻掉入黑影的神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為 12 個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。 這名男子居然知道柯南其實就是工藤新一？！這名男子的真正身份，難道是……就在同時，「關西的高中生偵探」服部平次的兒時玩伴和葉也被抓走成為了人質。追查著怪盜基德的「高中偵探始祖」白馬探，也接到了神秘男子的委託。這些偵探們將與柯南一同挑戰謎題。但...

怪盜基德再度發出預告信，目標是俄羅斯羅曼諾夫王朝的皇室祕寶「記憶彩蛋」。柯南與服部聯合保護「記憶彩蛋」，因毛利小五郎將作案時間推理錯誤使基德得逞，但基德於逃走中途被不明人物狙擊。自此引出一連串疑問，柯南將解開一連串事件。...

最近發生一連串音樂家遭到殺害的事件，而所有被害者生前都曾在某個知名鋼琴家所舉辦的音樂學校上過課。某日，柯南一行人受邀前往參加這位鋼琴家所興建的音樂廳之落成紀念音樂會，在這場世界著名音樂家雲集的音樂會中，最受矚目的主角是一名天才女歌手，沒想到卻傳出有人企圖暗殺這名女歌手的消息；雖然柯南在千鈞一髮之際出手相救，讓她得以躲過殺手的暗殺，但犯人並未就此放棄，反而將欲殺害的目標轉移到柯南等人身上。犯人的魔掌不斷朝着柯南等人伸出，他這麼做的目的，難道是想要阻撓這場音樂會嗎？ 音樂會當天，柯南在進入會場之前...

滿月之夜的鑽石偷盜事件，怪盜基德擺脫了警察的包圍網，華麗地逃走了。江戶川柯南在獨自追捕基德時，遭遇了石川五右衛門的襲擊。柯南方才明白是雷朋三世假扮基德犯案，而這次的對手將是雷朋三世。 雷朋三世之後將目標轉向「幻之秘寶」櫻桃藍寶石。收到雷朋三世預告函的目暮十三等人，迎來了雷朋三世潛入搜查官錢形幸一，他們開始合力抓捕雷朋三世。雷朋三世則在寶石順利得手後，聽從峰不二子的要求，將寶石交給了神秘男子亞倫·史密西。他的目的到底是什麼？ 與此同時，來到日本的還有超人氣海外偶像艾米力歐·巴瑞帝。但艾米力歐收...

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柯南和少年偵探團在參觀一座西多摩市新建的「雙塔摩天大樓」時，意外的發現了黑暗組織成員琴酒（Gin）。之後就發生了命案。 命案還沒結束，共通點是每名死者身邊都會留下一個小酒杯。就在柯南和少年偵探團找尋兇手時，琴酒也得知他正在找的叛徒雪莉將在不久之後參加西多摩雙子大樓的落成典禮，並準備在典禮上把她暗殺。 在會場上，短暫的黑暗又有一人死亡。現場也留下了同樣的小酒杯，暗示兇手和之前的是同一人。就在警方和毛利小五郎追查案件的時候，琴酒引爆了藏在大樓內的炸彈，銷毀了情報，同時將頂樓的柯南一行人陷入了危險...

開場由警官驅車追捕兩個搶超市的罪犯，佐藤美和子警官用高超的駕駛技術迫使罪犯的汽車翻車，當問及作案動機時，罪犯吐出在神海島上有「Jolly Roger」。 而柯南他們前往位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安·寶尼」、「瑪麗·麗德」所遺留下來的寶藏傳說。 在毛利小五郎的帶領下，小五郎、小蘭、園子、阿笠博士、少年偵探團一行人來到神海島。小蘭與園子在海底宮殿附近海底潛水，少年偵探團則在玩神海島觀光安排的...

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鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發出挑戰。這位壞脾氣的大叔斥巨資製造了巨型的飛船貝爾·雪利二世號，並以鑲嵌有名貴寶石「天空的貴婦人」的戒指作賭注，邀請基德前來挑戰，看他能否在東京到大阪的這6小時時間內完成這項困難的任務。柯南、小蘭等人理所當然也接到邀請，甚至電視台的人也興師動眾前來。隨着時間的流逝，雙方的對決悄悄展開。另一方面，恐怖組織紅暹羅貓也登上了飛船。此前不久，紅色暹羅貓襲擊了國立東京微生物研究所，並盜走一種致命的病毒。...

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梵谷名畫《向日葵》被發現，並將在紐約拍賣，然而在《向日葵》的發現地卻發生了殺人事件。在紐約拍賣會現場，全世界的大富豪匯集一堂，競拍《向日葵》。鈴木次郎吉以遠高於他人出價的 3 億美金將此畫拍下，他的目的是集齊散落在世界各地的 7 幅《向日葵》，以此能在日本舉辦史無前例的大規模展會。這則夢幻大新聞向全世界播出，柯南與灰原也津津有味的看著轉播。當正要徵集專門保護《向日葵》的護衞隊「七大武士」的時候，怪盜基德突然出現，留下了「一定會將此畫奪走」的宣戰預告。明明只偷大型寶石的基德為什麼會對名畫下手？就在...

在東京高峰會即將舉行的前一週，位於東京灣的「海之邊緣」發生爆炸事件，當時在場的公安警察發生傷亡。而意外的是，在現場竟然發現了毛利小五郎的指紋，使柯南感到相當不對勁。 同一時間，在現場竟然發現了安室透的身影。當柯南向安室詢問捏造犯人的理由時，安室卻僅以「我有東西非得拼命守護不可」來答覆。在此之後，公安警察的行為越來越令人百思不解。 正當案件即將劃出一道曙光時，案件竟演變成了一場大危機——犯人利用即將返回地球的探測器「天鵝號」，要使其撞上警視廳。在柯南和安室的合作下，成功使其轉道，但卻使「天鵝號...

又是一個平靜的日子，內褲愛好者八寶齋四面出擊，惹得亂馬、小茜、良牙、珊璞等人紛紛加入進來，在鎮上惹出巨大的騷動。正當眾人鬧得不可開交之時，一頭裹挾著黑色殺氣的大象突然襲來。它和美麗的主人向八寶齋發起攻擊。與此同時，天空陰雲密佈，一艘巨船出現在空中。他們是來自中國內地寢崑崙的七福道神，這羣神秘之人不僅搶走騎象少女帶來的奧義經卷，還虜走了小茜。亂馬一眾不堪就範，決定啟程前往中國……...

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揭露以往未能公開的懸案：讓柯南、灰原哀縮小的「APTX4869」藥物的秘辛；青春熱血的「少年偵探團」曾調查過的神祕案件；備受關注的人氣角色的行動及想法將陸續曝光。 高中生偵探工藤新一與毛利蘭在熱帶樂園約會時，意外發現行動詭異的黑衣男子——琴酒等人，新一便發揮他的偵探精神獨自跟蹤他們，沒想到竟被灌下神秘毒藥「APTX4869」。 醒來的新一發現自己居然變成小孩子的模樣……。查覺到自己可能捲入危機，他化名為「江戶川柯南」，一邊寄住在小蘭家中，技巧性的利用過氣偵探毛利小五郎偵破許多案件，並一直尋找...

由於阿笠博士家的浴室在進行整修，柯南於是跟著毛利蘭、灰原哀一同來到大眾澡堂洗澡，卻在澡堂意外滑了一跤而失去意識。這時候，有兩名男子自告奮勇開車載柯南送醫急救，其實他們兩人包括凶惡殺手近藤，當時正好在澡堂秘密完成了某項任務，卻因為對柯南有所顧忌而決定將他帶走。只是當柯南恢復意識醒過來時，卻因跌跤時頭部所受之重擊而喪失了記憶。 另一方面，一位名為香苗的女訪客來到了毛利偵探事務所，目的是委託調查外遇。對美女完全沒抵抗力的小五郎，跟隨香苗一同前往原本從事便利屋的丈夫的工作地點，小五郎也因此看到了香苗丈夫...

身為黑衣組織一員的科學家宮野志保(代號雪莉)，開發出了神秘的毒藥APTX4869。那就是讓工藤新一變小的藥！但是，黑衣組織殺了她的姊姊明美，因此雪莉決定背叛組織，自己也吞下了APTX4869。服藥後身體縮小的她，化名為灰原哀，隱藏起真實身分。雖然只有一點點，但黑衣組織確實在她的心裡蒙上了一層陰影。 糟糕的是，她再次與黑衣組織的幹部‧琴酒打照面，面臨性命危急的「與黑衣組織的再會」；在碰上巴士挾持事件的車上，感受到組織成員氣息，有著赴死決心的「神秘乘客」；以及故事的最高潮，在豪華列車內，被逼到驚險絕...

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